王永清、李积凤、高起隆等琼州军武将闻言皆是诧异，他们也都是老行伍了，可无论是明还是清又或是周，都没有旅这个编制。
“旅是秦军的编制，当年秦朝就是以五百人为一旅、但是我琼州军是承明制，若是再改动已有的编制，可能会造成混乱，故本帅决定两营合为一旅，设旅帅一名、营官两名、副营官四名，诸位都清楚了吧！”
“大帅，你就下令吧。”
这会在场的琼州军将左也算听明白了，马仲英的意思就是在营官上面再设一个官职，对他的的地位并没有什么影响，反而是一个晋升的机会。
想到这里，在场的琼州军将左哪里会反对，毕竟升官就意味着手中的权力扩大，便是此前投降的几个降将也是心动，但是他们也知道这旅帅肯定没他们的份，只盼着自家营官升职，自己这个副将也好有机会扶正。
震虏营和磐石营合并为琼州军第一旅，旅帅马仲英兼任、营官秦怀忠、谢昌，李汉明调任第一旅充任练兵游击。
钢刀营和选锋营合并为琼州军第二旅，旅帅由巴思克出任、营官张朝阳、李积凤。
灭胡营和玄水营合并为琼州军第三旅，旅帅由李兴出任、李沁和廖进忠担任营官。
柘戎营和楯甲营合并为琼州军第四旅，旅帅由王永清出任、张大全和游大海任营官。
疾火营和刚刚收拢的湖广绿营俘虏整编成琼州军第五旅，旅帅由高起隆担任，营官则由张达和张大德二人出任。
重新整编之后，琼州军步兵共有五旅十营、每旅五千人，下辖四个长枪兵步队、四个刀盾兵步队和两个弓箭兵步队、两个火铳兵步队以及两个爆破队，共十二个步队。
考虑到各旅将来肯定要分守一方，马仲英又下令，各旅的爆破队分出一队出来，改为炮队，以加强各旅火力。
骑兵营同样改编为骑兵旅，此次肇庆之战，琼州军一共缴获战马近三千匹，去掉受伤不能作战的还有两千余匹，但马仲英并没有盲目地扩大骑兵的规模，只是将阿克马挑选出来的六百满洲兵充入了骑兵旅，原因就是两广不产战马，一旦战马有了损耗，得不到补充的骑兵立马就会沦为步兵。
重新确立编制后，马仲英遂下令由第三旅携带三千民夫进驻藤县胜山，在状元山和马叫山一线布置防线，第四旅携带三千民夫进驻怀集，并在天胜岭和白石山布防，第一旅则坐镇梧州，并着手在梧州白云山三江口一带修建棱堡，以巩固梧州城防。
第二旅巴思克部依旧驻守南宁城，第五旅疾火营守琼州、新编的神火营驻钦州。
马仲英的意图很简单，就是尽可能地在清军主力入桂之前，加强梧州和南宁的防御，以达到御敌于国门之外的目的，好稳定琼州根据地的安全。
在第三旅和第四旅出征之前，马仲英又拿出二十万两白银以庆祝肇庆大捷的名义犒赏三军。
按惯例，发赏之事马仲英还是亲力亲为，并决定回一趟琼州，亲自给第五旅下辖之疾火营发赏。