他的父亲司马昱曾看见一句谶言：晋祚尽昌明，没想到这“昌明”竟然是自己的儿子，不仅悲从中来，痛哭流涕。
晋孝武帝司马曜，字昌明，生于晋哀帝隆和元年。
他的祖父是东晋开国皇帝晋元帝司马睿，父亲是会稽王司马笠母亲是李玲荣。
司马昱共有七个儿子，但前五个都早亡，只有司马曜和胞弟司马道子存活下来。
兴宁三年琅邪王司马奕继承皇位后，司马昱徙封琅邪王，四岁的司马曜则继其父会稽王之位。
司马曜即位的时候是十一岁，没有理政的能力，况且朝中还有一个权臣桓温，司马曜就是一个傀儡皇帝。
东晋从司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿明帝司马昭稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。
到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为君，史称政由桓氏，祭则寡人，而他的野心则是要简文帝禅位于己，达到倾移晋鼎的目的。
简文帝登基仅八个月便得了重病，于咸安二年七月二十三日连发四诏，催促尚居姑孰的桓温入朝辅政，桓温故意推辞；五天后，简文帝病情加剧，遂册封会稽王司马曜为皇太子，并遗诏大司马温医周公具设故事又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”
司马昱死前留下了一道给桓温的诏书，内容是：若是司马曜当不好这个皇帝，你可取而代之。
估计是司马昱也怕那句谶言应验，晋朝毁在司马曜的手中。
此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。
但是这道诏书却被王坦之给撕了，本来桓温就在朝中就如日中天了，你再留下这么一道诏书，我们王氏还活不活了，其他氏族不是要完蛋了。
所以司马昱被迫把诏书改为命桓温摄政。
桓温确实不满足于摄政的地位，明明再往前走一步，他就可以登上帝位了。
随即简文帝驾崩。
但群臣中仍有慑于桓温淫威的人提议：“当须大司马处分。”
出身琅琊王氏尚书仆射王彪之正色说：“天子崩，太子代立，大司马何容得异？若先面谘，必反为所责。”
于是朝议确定，皇太子司马曜登基为帝，是为孝武帝。
崇德太后又以司马曜年幼，又在为大行皇帝服丧为由，再次命桓温行周公居摄故事，命令下达后，王彪之说：“此异常大事，大司马必当固让，使万机停滞，稽废山陵，未敢奉令，谨具奉还。”
此令遂未施行。
就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。
孝武帝司马曜刚继位三个月，就发生了道教徒卢悚率众三百人攻入建康殿庭，掠取武库兵器，欲复辟海西公司马奕的变乱。
此乱矛头直指桓温，客观上增加了王、谢等士族抗拒桓温的效果。
但是还没来得及行动，以王、谢为头的其他氏族联手粉碎了桓温想要篡位的阴谋，司马曜才能在皇位上稳当当地坐着。
司马曜在政期间做得最出色的一件事情，就是在谢安的辅佐下打赢了淝水之战。
“所以，这些故事怎么样啊！”杜如晦问道。
“好，讲的好啊！”
“再讲个故事啊，没有听够啊！”
“再讲一个故事。”西门飘雪说道。
杜如晦继续说道：“我再讲一个故事了啊！”
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