与林云的静修不同，大汉的国土上战争成了主题。
黄巾起义不过一个月，全国七州二十八郡都发生战事，黄巾军势如破竹，州郡失守、吏士逃亡，震动京都。
这要是没有幕后黑手在推动，打死林云都是不信的。
汉灵帝见太平道如此厉害，有些慌了。
不过听闻有一仙人降世，献策于汉灵帝。
于是在3月以何进为大将军，率左右羽林五营士屯于都亭，整点武器，镇守京师；又自函谷关、大谷、广城、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津等各京都关口，设置都尉驻防；下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
而皇甫嵩不知得了哪方高人的计谋，也是上谏要求解除党禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气。
另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋。
皇甫嵩及朱儁各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱儁又上表招募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱儁军连军。
而后张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
那降临大汉的仙人似乎并没有预料到局势的变化。
汉军在首战并未得利，于4月，朱儁军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。
又有那汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
林云见时机成熟，化名林景，作为一位游方道人，加入了曹老板的阵营。
5月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援，林云随军出征。
大军距离皇甫嵩被困之地还有很远距离时，林云已然先一步到达。
林云与皇甫嵩商议后定下一计，火攻！
在傍晚时，林云动用太平经中记载的呼风之术吹起大风，而皇甫嵩则命士兵手持火把暗暗出城。
士兵们利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应。
皇甫嵩更是以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大乱，四处奔走。
又遇上提前被林云告知的曹操援军，于是乎这支黄巾军被皇甫嵩、朱儁和曹操三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。
6月，南阳太守秦颉与张曼成战斗，后斩杀了张曼成。
黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。
而皇甫嵩与朱儁军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城。
但曹操登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。
其实这里原来是孙坚的功劳，不过林云先一步建议曹老板出手，又多了些战功。
另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。
正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。
灵帝大怒，用囚车征卢植回京。
京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。
而同样宗教形式的五斗米道在巴郡开始流行，领导人“五斗米师”张修占领了一些郡县，但未受到汉室重视，听说是被那位仙人压下来了。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议征朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才放弃了。
但朱儁仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱儁又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。
张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。
朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。